Кавалер ордена Возрождения Польши (1964)
Командор ордена Возрождения Польши (1974)
Командор ордена «За заслуги перед Федеративной Республикой Германия» (Германия, 1990)
Командор со звездой ордена Возрождения Польши (1993)
Офицер ордена Великого князя Литовского Гядиминаса (Литва, 1998)
Офицер ордена «За заслуги перед Итальянской Республикой» (Италия, 2000)
Орден Белого орла (2005)
Командор ордена Трёх звёзд (Латвия, 2006)
Орден Почёта (Армения, 2009)
Большой крест ордена pro Merito Melitensi (Мальтийский орден, 2011)
Орден Креста земли Марии I степени (Эстония, 2014)

Золотая медаль «За заслуги в культуре Gloria Artis»
Австрийский почётный знак «За науку и искусство» (Австрия, 1992)
Медаль «За заслуги перед Отечеством» 1 степени (Армения, 2013)
Золотая медаль Министерства культуры Республики Армения (2018)

Лауреат Премии Гравемайера за Адажио для большого оркестра (1989 г.) (1992)

Доктор Honoris causa Санкт-Петербургского государственного университета (2003)
Доктор Honoris causa Гданьской Музыкальной Академии (2008)
Почётный профессор Московской государственной консерватории имени П.И. Чайковского (2008)
Почётный доктор Харьковского университета искусств имени И.П.Котляревского (2010)

Родился в 1933 году. С детства обучался игре на скрипке и фортепиано. В конце 1940-х годов играл в городском духовом оркестре Дембицы. Позже, в гимназии, Кшиштоф организовал собственный оркестр, в котором был и скрипачом, и дирижёром. В 1955 году переезжает учиться в Краков, где занимается теоретическими дисциплинами с Ф. Сколышевским — пианистом и композитором, физиком и математиком.

В 1955—1958 годах учился у Малявского и Веховича в Краковской консерватории.

Пендерецкий преподавал композицию в Кракове, Эссене и Йеле. Среди его учеников в этот период — Антоний Вит, Марек Стаховский.

Первый успех Пендерецкого как композитора — победа в 1959 году на всепольском композиторском конкурсе, организованном Союзом польских композиторов: Пендерецкий представил жюри свои сочинения «Строфы», «Эманации» и «Псалмы Давидовы».

В начале 1960-х годов Пендерецкий получил всемирную известность как один из главных представителей восточноевропейского музыкального авангарда. Композитор регулярно участвует в международных фестивалях современной музыки в Варшаве, Донауэшингене, Загребе.

В раннем творчестве экспериментировал в области современных свойств выразительности — главным образом сонорики, активно применял кластеры, нетрадиционные способы пения (в том числе хорового) и игры на музыкальных инструментах, имитировал музыкальными средствами различные крики, стоны, свисты, шёпоты. Для адекватного воплощения музыкального замысла композитор использовал в партитурах специально придуманные знаки. Среди характерных сочинений этого периода — «Плач по жертвам Хиросимы» (1960), Симфония № 1 (1973).

Вместе с тем уже в этот период проявилось характерное для Пендерецкого увлечение религиозной тематикой («Stabat Mater», 1962; «Страсти по Луке», 1965; «Утреня», 1970—1971), благодаря которой в его сочинениях появляются музыкальные интонации григорианского пения, православной литургической традиции и И.С. Баха.

С середины 1970-х годов Пендерецкий выступал как дирижёр, в том числе с исполнением собственных сочинений. В 1972—1987 годах Пендерецкий — ректор Краковской консерватории.

С середины 1970-х годов музыкальный стиль Пендерецкого эволюционирует в сторону большей традиционности, тяготеет к неоромантизму, обнаруживает влияние Франца Шуберта, Яна Сибелиуса, Густава Малера, Дмитрия Шостаковича. Основное внимание композитор уделяет крупным вокально-симфоническим и симфоническим произведениям («Польский реквием», 1980—2005; «Credo», 1998; два скрипичных концерта, 1977, 1992—1995; симфонии № 2—8). Седьмая («Семь врат Иерусалима», 1996) и Восьмая симфонии включают в себя вокальные партии, отсылая тем самым слушателя к традициям Малера и Шостаковича.

Одно из крупнейших сочинений позднего Пендерецкого — «Польский реквием» — писалось в течение нескольких десятилетий (1980—2005). В 1980 году появился его первый фрагмент — «Lacrimosa», написанная в память о гданьских докерах, расстрелянных во время восстания против тоталитарного режима десятью годами раньше. В 1981 году появился «Agnus Dei», посвящённый памяти глубоко почитаемому в Польше кардиналу Вышинскому; в 1982 — «Recordare Jesu pie», написанный по случаю причисления к лику блаженных священника Максимилиана Кольбе, который в 1941 году, спасая другого пленника, добровольно пошёл на смерть в Освенциме. В 1984 году — в сороковую годовщину Варшавского восстания против нацистской оккупации — был создан «Dies Irae». Первая редакция «Польского реквиема» впервые прозвучала в Штутгарте в сентябре 1984 года под управлением Мстислава Ростроповича. В 1993 году композитор дописал к партитуре «Sanctus» (в таком виде «Польский реквием» был исполнен на фестивале Пендерецкого в Стокгольме 11 ноября 1993 года под управлением автора). В 2005 году Пендерецкий дописал к реквиему «Чакону для струнного оркестра» памяти Папы Иоанна Павла II.

Музыка Кшиштофа Пендерецкого использована в фильмах Алена Рене «Люблю тебя, люблю» (1968), Уильяма Фридкина «Экзорцист», Стэнли Кубрика «Сияние», Анджея Вайды «Катынь», Мартина Скорсезе «Остров проклятых», Дэвида Линча «Внутренняя империя», «Твин Пикс» (сезон 3, серия 8), Альфонсо Куарона «Дитя человеческое», Александра Муратова «Моонзунд», в сериале «Секретные материалы».

Музыка Пендерецкого (даже сложнейшие эксперименты в области атональной музыки) всегда рассчитана на широкого слушателя и выгодно отличается от многих элитарных произведений композиторов XX века относительной доступностью музыкального языка. В произведениях атонального периода творческое высказывание Пендерецкого всегда было открыто лапидарным; в более поздних произведениях обнаруживает сложившиеся под влиянием Шостаковича серьёзность, ясный пафос и внутреннее напряжение.

Творчество Пендерецкого проникнуто идеями экуменизма. Будучи католиком, Пендерецкий нередко обращается к православной традиции («Утреня», 1970—1971; «Слава святому Даниилу, князю Московскому», 1997). Произведение написано по заказу А.С. Пономарёва, директора канала ТВ-6 Москва, который познакомился с Пендерецким по инициативе Бари Алибасова.

С большим интересом Пендерецкий относился к русской культуре, что проявилось при создании сочинений «Слава святому Даниилу, князю Московскому» (1997), «Страсти по Иоанну» (на тексты из Библии, Булгакова и Достоевского; возможно, не окончено) и упоминавшейся в некоторых интервью оратории на тексты Сергея Есенина.

Большинство сочинений позднего Пендерецкого написаны на заказ. Среди музыкантов, в расчёте на мастерство которых созданы произведения композитора — Мстислав Ростропович.

Скончался в Кракове после продолжительной болезни 29 марта 2020 года.