Родился 16 февраля (1 марта по н. с.) 1909 г. в м. Гуляй-поле Александровского уезда Екатеринославской губернии, ныне Запорожской области (Украина).Произошел из скромной разночинной семьи и свои первые музыкальные шаги делал в далекой провинции. Его дарование было столь очевидно, а успехи столь велики, что уже в 15 лет родители отправили его (под опекой старшего брата) учиться в Москву. Здесь, только год позанимавшись в музыкальном техникуме имени А. Г. и Н. Г. Рубинштейнов у профессора Ф. Ф. Кенемана, В. А. Натансон в 16 лет поступил в Московскую консерваторию.начале он продолжил обучение в классе Ф. Ф. Кенемана, который был разносторонним музыкантом (композитором, теоретиком и отличным пианистом, много лет выступавшим в ансамбле с Ф. И. Шаляпиным).

Позже, с уходом Кенемана из консерватории, его наставником стал С. Е. Фейнберг. Под их влиянием развивалась широта интересов В. А. Натансона.осле окончания консерватории в 1931 г. началась интенсивная концертная деятельность молодого музыканта: выступления в качестве солиста, с ансамблями, аккомпанирование певцам С. Хромченко, Н. Кругликовой, Н. Дорлиак; работа в качестве концертмейстера в классе К. Н. Дорлиак.

В 1933 г. В. А. Натансон совершенствовался в «Школе высшего мастерства» (аспирантура Московской консерватории). С началом войны В. А. Натансон вступил в народное ополчение; после контузии был комиссован и эвакуирован вместе с консерваторией в Ташкент. Там В. А. Натансон, помимо преподавания, много работал в качестве музыкального редактора на Ташкентском радио.

В послевоенные годы сфера деятельности В. А. Натансона еще более расширяется. Его пристальное внимание привлекла история фортепианного искусства и, стремясь к истинному профессионализму в этой области, он поступил на исторический факультет Московского университета. Его окончание было отмечено публикацией первой исторической работы В. А. Натансона – небольшой, но насыщенной малоизвестными фактами книжечки «Из музыкального прошлого Московского университета», раскрывающей роль университета в становлении русской музыкальной культуры.

И уже во всеоружии, имея навыки кропотливой архивной работы, В. А. Натансон погружается в «прошлое русского пианизма». Именно под этим названием в 1960 г. была издана богатейшая по материалу книга, ставшая итогом обширных изысканий ученого, чья музыкантская увлеченность всегда проверялась строгой документальностью. А двумя годами раньше В. А. Натансон защитил посвященную начальному периоду в истории русского пианизма кандидатскую диссертацию, чья научная весомость значительно превышала обычные для этого жанра требования. Свой опыт пианиста-историка он затем щедро передавал молодым ученым, чьими диссертациями руководил (М. А. Овчинников, Л. В. Когтева, Н. Н. Гапоненко, Э. Р. Дагилайская).

Однако, как опытнейший педагог, В. А. Натансон понимает, что будущее даже самых одаренных музыкантов во многом определяется в раннем «музыкальном детстве». И, не жалея сил, он работает над методическим обеспечением самых широких кругов преподавателей: создает (совместно с А. А. Николаевым) знаменитую, десятки раз переиздававшуюся «Школу игры на фортепиано», трехтомную хрестоматию «Юный пианист» (совместно с Л. И. Ройзманом), хрестоматию по русскому пианизму и многие другие учебные пособия; выступает с лекциями в методических объединениях, музыкальных школах и т. д.

Он становится составителем и редактором сборников из серии «Вопросы фортепианной педагогики» и других научно-методических изданий (включающих и его собственные, всегда значительные по мысли статьи), автором учебных программ для Московской консерватории. С горячей заинтересованностью В. А. Натансон много лет работает над составлением и редактированием сборников из серии «Музыкальное исполнительство» (всего с его участием вышло двенадцать выпусков). И из года в год с молодой энергией откликается в своих печатных рецензиях на самые разные концерты, новые книги...

Придавая огромное значение расширению фортепианного репертуара, В. А. Натансон подготовил свыше 100 сборников для издательства «Советский композитор» (в самой организации которого он также принимал участие). Его пытливый интерес привлекают не только малоизвестные или вовсе забытые фигуры далекой русской истории, но и новые композиторские имена, среди которых Р. Щедрин, С. Губайдулина, Э. Денисов.С уходом из жизни своего учителя и старшего друга, В. А. Натансон принимает на себя заботу о творческом наследии С. Е. Фейнберга.

Вместе с братом музыканта, он готовит к печати его работы по фортепианному исполнительству и музыкальной эстетике (в изданной в 1965 г. книге Фейнберга «Пианизм как искусство» перу В. А. Натансона принадлежит глубокая статья о ее авторе), принимает деятельное участие в создании сборников, посвященных жизни и творчеству выдающегося композитора и пианиста, проводит концерты из произведений Фейнберга силами своих учеников. Умер 8 сентября 1993 г. в г. Москве.