Награжден орденом «За службу Родине в Вооруженных силах СССР» III ст., меда­лями, почетными грамотами Президиумов Верховных Со­ветов Белорусской ССР (1974) и Удмуртской АССР (1986).

Брат Вл.Г. Агафонникова. В 1953 окончил дирижерско-хоровое отделение Музыкального училища при Московской консерватории (по классу Е.Н. Зверевой), в 1958 – Московскую консерваторию по классу хорового дирижирования В.П.Му­хина, обучался также у С.С. Благообразова, В.В. Хвостенко, Т.Ф. Мюллера (теория музыки) и др. 

В 1950-е гг. руководил самодеятельными хоровыми коллективами, с 1954 работал в Военно­воздушной академии им. Н.Е. Жуковского. В 1958–89 – хормейстер Боль­шого тетра. Под руководством Агафонникова поставлено 50 опер. Одновременно руководил хором Музыкального училища при Московской консерватории (1960–2000). В разные годы был художественным руководителем и главным дирижером Государственного акаде­мического русского хора СССР (1980–1987), Краснознаменного ан­самбля песни и пляски Советской Армии им. А.В. Александ­рова (1987–1994), главным хормейстером Музыкального театра имени К.С. Станис­лавского и Вл.И. Немировича-Данченко (1995–1998). Ди­рижировал произведениями И.С. Баха («Рождественская орато­рия»), Й. Гайдна («Сотворение мира»), Л. ван Бетховена («Торжественная месса»), К. Орфа, О. Мессиана («Три маленькие литургии»), Г. Малера (Вторая симфо­ния), А.Т. Гречанинова, Д.Д. Шостаковича (Тринадцатая симфония), А.Г. Флярковского («Песни Куликова поля») и др.