Сергей Вепринцев родился в Москве в 1969 году. Окончил с отличием Музыкальное училище при Московской консерватории в 1988 году (класс хорового дирижирования профессора И. Г. Агафонникова), в 1995 году — Российскую академию музыки им. Гнесиных (класс доцента Б. А. Селиванова).

С февраля 1991 года работает в Государственной академической симфонической капелле России в качестве артиста хора (бас), а с 1993 года также в качестве хормейстера. Исполнял сольные партии в сочинениях В. А. Моцарта, Ф. Шуберта, Ф. Листа, К. Сен-Санса, И. Ф. Стравинского, А. Т. Гречанинова, П. Г. Чеснокова, в Симфонии № 2 А. Г. Шнитке (концерт и запись на CD).

В 2003 году на фестивале в Spoleto (Италия) исполнял обязанности руководителя хора капеллы при постановке оперы «Лоэнгрин» Р. Вагнера и дирижировал камерным составом хора, исполнив программу русской духовной и камерной хоровой музыки.

В 2007 году в рамках гастрольного тура хора по США выступал в качестве дирижёра. В 2009 году дирижировал концертами хора в Хорватии и Словении, а также в Тарусе и Москве (Рахманиновский зал). В последующие годы, помимо московских залов (Камерный зал ММДМ и Концертный зал ГЦММК имени М. И. Глинки), Сергей Вепринцев дирижировал в Твери, Зарайске и Ярославле.

В 2015–2018 годах неоднократно участвовал в жюри Хорового чемпионата России (Кубки Центрального и Приволжского округов и Всероссийский финал), а также Хорового конкурса «Триумф».

Сергей Вепринцев регулярно сотрудничает с  Филармонической хоровой капеллой «Ярославия» при подготовке совместных выступлений с ГАСК России.

С 2016 года — преподаватель  хоровых дисциплин в Московской государственной консерватории.