Музыковед, педагог.
Родился 29 июля 1899 года в Киеве. В 1922 году окончил Киевскую консерваторию по классам фортепиано Г. Н. Беклемишева, теории и истории музыки Б. Л. Яворского. Тогда же переехал в Москву и до1924 года учился в Высшем литературно–художественном институте (общался здесь с Н. Я. Брюсовой). В 1923–1927 годах преподавал хоровое пение и музыкально–теоретические предметы в Академии коммунистического воспитания им. Н. К. Крупской, в 1926–37 годах — в Музыкальном техникуме (училище) им. Гнесиных. В 1925 году был приглашён в Московскую консерваторию, где работал сначала на педагогическом факультете, позднее — на кафедре истории музыки народов СССР (в 1937–43 — заведующий кафедрой). На педагогическом факультете вёл курс «слушания музыки», семинары по изучению творчества композиторов–романтиков, а также А. С. Даргомыжского и М. П. Мусоргского, что во многом определило круг его музыкально–научных интересов. Вторая половина 1930-х годов — время наибольшей творческой активности Пекелиса в Московской консерватории. Коллектив возглавляемой им кафедры создал под его редакцией и при авторском участии первый советский вузовский учебник «История русской музыки» (Т. 1–2. М., 1940). К этим же годам относится регулярное общение, непосредственное и эпистолярное, с Б. В. Асафьевым (в частности, в связи с обсуждением и рецензированием учебника).
Работа в консерватории прекратилась в 1943 году, в преддверии кампании по «борьбе с космополитизмом». В той же связи перестал преподавать в ГИТИСе (работал в 1944–48), ГМПИ им. Гнесиных (1946–49), Институте истории искусств АН СССР (1948–49), а также в экспертной комиссии ВАК (1937–42), Киевской консерватории и др. В 1949–55 годах — профессор и заведующий кафедрой истории музыки Горьковской консерватории. С 1955 года до конца жизни — профессор ГМПИ им. Гнесиных (в 1955–60 — заведующий кафедрой). Под редакцией, со вступительной статьёй и комментариями Пекелиса нотные издания: «Полное собрание романсов и песен» (Т. 1–2. М., 1947), «Полное собрание вокальных ансамблей и хоров» (М., 1950), «Собрание сочинений для фортепьяно» (М., 1954), «Полное собрание сочинений для симфонического оркестра» (М., 1967) Даргомыжского, а также полный клавир его оперы «Эсмеральда» (М., 1961, совместно с В. Е. Сибирским); ранее — литературные издания «Избранные письма» Даргомыжского (Вып. 1. М., 1952); в 1953 — «Избранные письма» Мусоргского и «Литературное наеаедие Мусоргского» (совместно с А. А. Орловой. Кн. 1–2. М., 1971,1972). Редактор учебного пособия «Советская музыкальная литература» (М., 1963, 3-е изд. 1972). Участник издания сборников «Музыкальное наследство» (Т. 1–4. М., 1962–76).
Главный труд Пекелиса — монография «А. С. Даргомыжский и его окружение» (Т. 1–2. М., 1966–73. Т. 3 опубликована по сохранившимся материалам коллегами и родственниками Пекелиса в 1983) была задумана как возрождение жанра панорамного и, одновременно, скрупулезного художественно–исторического исследования. Среди неосуществленных замыслов — издание всей сохранившейся переписки Даргомыжского (материалы хранятся в личном архиве Пекелиса в ГЦММК им. М. И. Глинки).
Умер 20 марта 1979 года в Москве.
Источник: Пекелис М. С. // Московская консерватория от истоков до наших дней. 1866–2006. Биографический энциклопедический словарь. — М. 2007. — С. 406.