Выпускник ССМШ при Казанской консерватории (1988), после окончания Казанской государственной консерватории в 1993 году, класс профессора Н. А. Фоминой, продолжил обучение в ассистентуре-стажировке (аспирантуре) Московской государственной консерватории в классе прославленного Н. А. Петрова (год окончания — 1996).

Рустем Кудояров начал концертировать еще в период учебы. В настоящее время с успехом выступает с сольными и камерными программами; в качестве солиста приглашается многими камерными и симфоническими оркестрами.

География выступлений артиста обширна и охватывает города Германии, Испании, Украины, ЮАР, Великобритании, Норвегии, Дании, Хорватии, Франции, Италии и практически все регионы России.

Выступает соло и с оркестрами в лучших залах Москвы: Большом, Малом и Рахманиновском залах Московской консерватории, Светлановском и Камерном залах ММДМ и др.

Рустем Кудояров — участник международных фестивалей: им. Шостаковича в Берлине, «Пианофорум» в Казани, «Музыка друзей» в Москве, Международного фестиваля камерной музыки в Трондхейме (Норвегия), фестиваля современной музыки «Европа-Азия», «Весна в России», «Ты, Моцарт, бог» (Казань, 2006), фестиваль музыки Пуленка (Москва,2008), Самоборская музыкальная осень (Хорватия, 2009), Два гения. Два юбилея (Москва, 2010), Сергей Осколков и друзья(Санкт-Петербург, 2011), Фестиваль современной музыки «Московская осень» (Москва, 2013), Лубеничские музыкальные вечера (Хорватия, 2013), фестиваль современной музыки “Concordia” (Казань, 2013) и других.

Он является лауреатом международного конкурса им. Хосе Итурби (Jose Iturbi) в г. Валенсия, Испания (1996), а также победителем международного конкурса «Концертеум», Греция (1996) и Х Всероссийского конкурса пианистов им. Сафонова (1997).

С 1998 г. Рустем Кудояров — солист Концертного филармонического объединения «Москонцерт».

Пианист сотрудничает со многими российскими и зарубежными оркестрами, среди которых: Государственный симфонический оркестр Республики Татарстан, Харьковский филармонический оркестр, Смоленский камерный оркестр, Костромской симфонический оркестр, Чувашский государственный камерный оркестр, Симфонический оркестр Карельской государственной филармонии, Вятский муниципальный симфонический оркестр, Симфонический оркестр Министерства обороны РФ, Рязанский камерный оркестр, Иркутский Губернаторский симфонический оркестр, Камерный оркестр «Провинция» (Набережные Челны), Архангельский государственный камерный оркестр, Камерный оркестр «Классика» (Челябинск), оркестр Белгородской филармонии, Казанский государственный камерный оркестр «La Primavera», Симфонический оркестр Валенсии (Испания), оркестр «Московская камерата», Ярославский академический оркестр, Красноярский академический симфонический оркестр, Новосибирский академический симфонический оркестр, Томский академический симфонический оркестр, Воронежский академический симфонический оркестр, Уральский академический филармонический оркестр (Екатеринбург), Кубанский симфонический оркестр, Камерный оркестр «Солисты Нижнего Новгорода», Камчатский камерный оркестр, Камерный оркестр «Времена года», Симфонический оркестр филармонии Алтайского края и др.

Дирижеры, с которыми выступал пианист: А. Абдурахманов, Р. Абязов, Ю. Андросов, Р. Белышев, В. Булахов, В. Валеев, М. Варшавский (Швейцария), П. Герштейн, А. Гилёв, А. Дашунин, А. Доркин, М. Дюлак (Голландия), И. Жуков, О. Зверев, И. Лерман, Д. Лисс, Д. Лузин, Ф. Мансуров, К. Моулдс (Великобритания) Р. Нигаматуллин, В. Онуфриев, А. Оселков, А. Павлич (Босния и Герцеговина), В. Понькин, В. Раевский, Д. Русишвили, А. Рыбалко, Р. Салаватов, Ю. Соболев, Н. Соколов, О. Солдатов, И. Фролов, А. Шадрин, Ю. Янко и др.

Наряду с сольными концертами, пианист большое внимание уделяет камерному музицированию и часто выступает в составе различных камерных ансамблей, нередко становясь первым исполнителем в России новых и «забытых» произведений, как например: фортепианная и камерная музыка Ришара Дюбюньона (Франция); квинтеты Фрэнка Бриджа и Ральфа Воана-Уильямса — совместно с артистами камерного ансамбля «Солисты Москвы»; музыка хорватских композиторов и др.

Артист имеет записи на радио и телевидении, а также в архиве Московской государственной консерватории. В 2005 г. вышел сольный диск пианиста с записями произведений Губайдулиной, Листа, Шопена и Дюбюньона (мировая премьера Трех танцев ор.20).

Р. Кудояров является доцентом Московской государственной консерватории имени П. И. Чайковского, преподает на летних международных мастер — курсах в Великобритании, Италии и Франции, а также приглашается на мастер-классы в России и за рубежом. Рустем Кудояров — участник жюри международных и российских конкурсов.

В октябре — ноябре 2010 с успехом прошел концертный тур Рустема Кудоярова по Сибири и Дальнему Востоку, в котором было сыграно десять концертов в крупнейших городах регионов — от Барнаула до Владивостока.

Также осенью 2010 состоялся сольный дебют артиста в лондонском Wigmore Hall. Выступление имело большой резонанс и получило положительные рецензии в английской прессе.